染色质免疫沉淀技术（chromatin immunoprecipitation assay, ChIP）作为最佳的研究体内DNA与蛋白质相互作用的 方法，它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。
包装信息
1. 称取新鲜的组织或冰冻的组织，用振动切片机将组织切成1-3mm小块。
2. 转移组织至50ml离心管中，用预冷的PBS清洗3次，去除PBS，加培养液（1640）至9ml。
3. 加入243 μl 37%甲醛，使得甲醛终浓度为1%，室温摇床15min。
4. 终止交联：加1M 甘氨酸1.26ml，使其终浓度为0.125M 室温摇床5min。
5. 吸尽培养基，用预冷的PBS洗两次后，加适量蛋白酶抑制剂（2ml PBS中加入5 µl蛋白酶抑制剂），用玻璃匀浆器将组织磨碎，形成单细胞悬液，2000rpm，4℃离心5min。
6. 弃上清，加入1ml Buffer A，冰上放置10min，3000-5000rpm离心5min。
7. 弃上清，加入400 Buffer B（每100 Buffer B中含有10 6细胞）重悬后加入5µl 蛋白酶抑制剂。
8. 超声破碎。一般来说，300W超声15s，间隔45s，13次。12000rpm，4℃离心20min。取20µl上清进行步骤19-23之后再进行电泳检测，抹带
集中在500-1000bp左右即可。
9. 样品分成三组，每组100µl，A：实验组 ; B：阳性对照组 ; C：阴性对照组，剩余样品可放置-80℃保存。
10. 在三组样品中分别加入900µl Chip Diluiton Buffer。
11. 准备ProteinA beads，用1ml PBS 清洗三次（3000rpm离心1min）后保存备用，此步可提前准备。
12. 三组样品中各加入60µl ProteinA beads， 4℃颠倒混匀1-2h。
13. 混匀后4℃静置10min，3000rpm离心1min。
14. 取上清，每组样品取20µl 进行 Input实验，-20℃保存。
15. 实验组中加入1-10µg抗体；阳性对照组加入1µg RNA Polymerase II抗体；阴性对照组加入1µl 正常血清IgG，4℃过夜孵育。
16. 三组样品中再加入60µl ProteinA beads， 4℃颠倒混匀1-2h。
17. 洗涤ProteinA beads ，依次用下列溶液清洗沉淀复合物。清洗步骤为：加入1ml 预冷溶液，在4℃混匀10min，3000rpm离心
1min，除去上清。
a. Low Salt Wash Buffer，1次。
b. High Salt Wash Buffer，1次。
c. LiCl Wash Buffer，1次。
d. TE Buffer，2次。
18. 每管加入100µl Elution Buffer（100 µl10%SDS+100 µl1M NaHCO3+800 µl ddH2O），室温颠转10min后3000rpm离心
1min，收集上清。重复洗脱1次，终体积200µl 。
19. 取出 Input实验样品，室温融化后加入180µl Elution Buffer。
20. 解交联。每管中加入8µl 5M NaCl，混匀，65℃解交联过夜。
21. 解交联结束后，每管加入1µl RNaseA，37℃孵育1h。
22. 每管加入4µl 0.5M EDTA，8µl 1M Tris-HCl（PH=6.5），1µl Proteinase K，45℃孵育2h。
23. DNA片段回收（WLA092a PCR纯化试剂盒）。
24. 对照品的PCR。
25. 取出每种PCR反应物10μl，进行琼脂糖凝胶电泳，最后根据电泳结果进行分析。
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