1. 裂解细胞时，为防止蛋白降解，所有的操作尽量在冰上进行。
2. 测定蛋白浓度时，样品中若含有EDTA、EGTA、DTT、硫酸铵和脂类会影响检测结果。
3. 要确保抗体的特异性，即在不表达抗原的细胞溶解物中添加抗体后不会引起共沉淀，确保共沉淀的蛋白是由所加入的抗体沉淀得到的，而并非外源非特异蛋白，单克隆抗体的使用有助于避免污染的发生。
4. Protein A beads离心时，离心力不易过高，会损坏Protein A beads，离心力在3000-5000×g即可。
